Con la fundación de la villa de Culiacán, en 1531, el puerto de Altata, llamado El Guayabal, por los españoles, adquirió gran relevancia por su ubicación geográfica, de la misma manera el pueblo de indios de Navolato, reafirmó su importancia en relación a las nuevas fundaciones. Las crónicas del obispo viajero Alonso de la Mota y Escobar, en 1605, consignan la existencia del puerto de El Guayabal, y otros pueblos, entre ellos Navolato. El 3 de mayo de 1834 Altata fue declarado puerto de cabotaje, se desplegó una gran actividad, ya que su población era muy numerosa; se fletaban navíos con las variadas mercancías a distintas partes del mundo.

En 1844, Altata fue declarado puerto de altura, y en 1853, fue de nuevo puerto de cabotaje.Tuvo sus altas y sus bajas, y permaneció abierto así al comercio internacional durante la ocupación del puerto de Mazatlán por los conservadores (1858-59). En 1864, durante la intervención francesa, el Gral. Antonio Rosales lo habilitó para comercio de altura, operando como tal hasta 1866, siendo ratificado como de altura el 30 de noviembre de 1881. Altata fue municipalidad de Culiacán, distrito del mismo nombre en 1852, pero para el año de 1877, fue suprimida, quedando como alcaldía de la municipalidad de Culiacán. sus celadurías fueron La Isla, El Tule y Guasimillas., esta última fue subestación del ferrocarril, establecida en 1880, entre Culiacán-Altata, entrando en operaciones tres años después. Este hecho vno a darle un gran impulso económico al puerto. Navidad Salazar, Teodoso, Toponimia, Geografía e Historia de Sinaloa, tomo 7, AHGS, 2011.