La indonimia es un vocablo cahita cuya etimología está en ahua, que quiere decir cuerno y sutu,
alteración de la pronunciación, quedando en rutu, que significa uña. Topónimo.- Se interpreta como “uña de gato”, cierto arbusto propio de la región llamado ahuaruto o cornezuelo en lengua cahita, o tesso, por los indios ópatas. Alonso de la Mota y Escobar lo registra como Huluruto (según crónicas
entre 1602-1605), pero Lázaro Domingo de Arregui, en sus informes (1621), lo anota como Olagueruto; señalando además que fue un pueblo de indios perteneciente a la nación Tague, provincia de Culiacán, reino de Nueva Galicia. Eustaquio Buelna por su parte, señala que aguaruto significa “águila en el agua”. Lo anterior tal vez por la existencia de águilas pescadoras en las lagunas formadas por las corrientes del río (Culiacán).

Historia.- Aguaruto tuvo rango de alcaldía, en la municipalidad de Culiacán, distrito del mismo nombre, en 1852. Fue paso obligado de diligencias en su tránsito rumbo al puerto de Altata. Sirvió de subestación al ferrocarril Culiacán-Altata cuando éste, entró en operaciones, en 1883.

Músicos.- En el primer tercio del siglo XX, surgió la Banda de música de viento llamada “Los Sirolas”, que luego emigraría a Culiacán. De esa banda fue director Aristeo Castro, padre del reconocido trompetista Jesús Ibarra Castro apodado “El Sirola”.

Ejido Aguaruto.- El 14 de febrero de 1937, por resolución presidencial de Lázaro Cárdenas del Río, se creó el ejido Aguaruto.

Actualmente (2017), Aguaruto es sindicatura del municipio de Culiacán, tiene dos comisarías: San Manuel y Moroleón. Tiene una superficie de 27.93 Kms. cuadrados. Colección Toponimia, Geografía e Historia de Sinaloa, Archivo Histórico General del Estado de Sinaloa, 2007, Teodoso Navidad Salazar.

Museo comunitario.– Fue inaugurado el 8 de junio de 2004. Su contenido versa sobre arqueología, vida cotidiana, armamento utilizado por los revolucionarios y los soldados al mando de Antonio Rosales en la guerra de intervención francesa, objetos antiguos y de uso cotidiano, documentos y libros antiguos. (Fuente de información: Álvarez Otáñez Jael. Op. Cit).