Historia.- El Catálogo del Fondo Tierras (Archivo Histórico General del Estado de Sinaloa), asienta que por el año de 1751, en la jurisdicción de Badiraguato, Pedro Regalado de Sais Marino, José Ignacio Sais Marino, y Miguel Sais Marino, registraron la propiedad de las tierras llamadas San Nicolás. Ellos fueron los fundadores de estos lugares. San Nicolás del Sitio fue celaduría de la alcaldía de Badiraguato, municipalidad y distrito del mismo nombre, en 1831. Estos asentamientos fueron paso obligado de las diligencias de pasaje, que hacían su recorrido entre Mocorito y Badiraguato, pasando por San Benito.
Toponimia.- Se interpreta como lugar que tiene por santo patrón a San Nicolás. Por otra parte la expresión sitio, se entiende como un espacio o lugar de residencia; en otra acepción se entendería como poner en asedio o sitio al enemigo.
Fuente: Colección Toponimia, Geografía e Historia de Sinaloa, tomo 7, Archivo Histórico General del Estado de Sinaloa, 2011, Teodoso Navidad Salazar.